马军的创作，早期以敦煌彩墨人物为主，95年后主攻彩墨山水及中国西部风情画，致力于改革传统的探索。创造了既水晕墨涨又色彩斑斓的画面效果。主要有如下艺术特征：将中国佛教的宁静、和谐、浑厚和文化背景与现代人文主义、自然主义的人性化主题相结合，建立起自己绘画的内在气质和品格；溶敦煌壁画传统的水墨与西方的后期印象派的色彩为一体，抓住了墨与色的微妙关系，改变了前人在生宣上无法进行色彩塑造的传统；把中国传统的散点透视与西方的定点透视方法相结合，既集中又丰富，作品因此而具有无限的张力；平行的构图方法及纯色的运用，增加了作品的现代性和装饰意味。赋予抽象的宗教式的敦煌人物以现代人文精神和生命气息，使作品人物更加神气鲜活、亲切可爱。

　　出版了《马军敦煌绘画作品集》、《马军敦煌风情画集》、《马军彩墨》，1993年发表论文《从敦煌壁画看中西绘画融合过程》，出版《马军彩墨画集》、大型画册《马军画集》(人民美术出版社)。1988—2010年百余幅作品在《美术》、《安徽画报》、《美术大观》、《艺术家》、《中国文化报》、《中国书画报》、《人民日报》、《光明日报》、《北青报》、《北京日报》、《中国旅游报》、《经济日报》、《北京商报》、《京华时报》、《长篇小说选刊》《中国美术2000年年鉴》及《中央电视台》(晚间新闻)(午间新闻30分)(美术星空)、北京电视台(北京您早)等媒体报道。